En 1988 con la institución normalizada, asume como Decano por primera vez un graduado de esta Facultad, el Dr. Paulino Mallo, por el voto de los tres claustros. Ese mismo año se crea la primera carrera de posgrado, la Especialización en Sindicatura Concursal.
Desde 1989 asume la conducción del Centro de Estudiantes la agrupación Franja Morada -brazo universitario de la Unión Cívica Radical- la que conduce el claustro estudiantil hasta 1993 -salvo por el año 1991 que lo hace la Agrupación Manuel Belgrano-. A partir de ese momento y hasta nuestros días, la conducción del CECES está a cargo de la agrupación Cauces, inicialmente una agrupación de tipo independiente y luego devenida en expresión universitaria del Partido Socialista.
En 1991 el Consejo Académico elige al CP. Ottorino Mucci como decano y condujo la facultad durante 8 años. Durante su gestión se produce una sustancial reforma de los planes de estudio, unificándose las carreras de Contador Público y Licenciatura en Administración en un mismo diseño curricular que estaría vigente hasta el año 2005. En su gestión también se comienza a tomar examen de ingreso a los ingresantes, finalizando la política de ingreso irrestricto que había imperado en la década del ochenta. Por otra parte, se crean las carreras de posgrado “Especialización en Sistemas de Información Económica” y “Especialización en Gerenciamiento de Organizaciones en el área de Salud”.
Durante 1994 se aprueba la nueva estructura funcional de la Facultad y se crea la primera maestría de la Facultad, la “Maestría en Ciencias Sociales” -en convenio con FLACSO- seguida por la “Maestría en Economía y Desarrollo Industrial”.
Es en 1996 que se da inicio a la Escuela de Negocios y Transferencia y se desarrolla la primera cohorte de la “Maestría en Gestión Universitaria”.
En 1999 asume como Decana la CP Haydeé J. Pérez. Durante su gestión se crea la Escuela de Posgrado y Educación Profesional Continua. Se pone en marcha el proyecto “intranet”, se crea el Área de Planeamiento, se dictan las primeras capacitaciones pedagógicas a docentes, se implementa el sistema de inscripción de alumnos vía internet y se desarrolla el sistema de pasantías.
En 2003 ante la finalización del mandato de Haydeé Pérez y la imposibilidad de designar su sucesor, asume interinamente el CP Raúl de Vega. Luego de varios intentos infructuosos el Consejo Académico elige como decano al CP Daniel Hugo Pérez, secundado por el Lic. Francisco Morea como vicedecano y referente de un nuevo grupo docente que asume la conducción de la facultad. Este recambio de autoridades estuvo precedido por una alta conflictividad entre las autoridades de entonces y el claustro estudiantil conducido por Cauces, que tuvo su punto máximo en una “toma” del edificio por parte de estudiantes que protestaban por la reforma del régimen de enseñanza y que derivó en su posterior derogación.
Durante el año 2004 se da un intenso debate interno que concluye -entre otras cosas- con la reforma del régimen de enseñanza vigente y los planes de estudios. Esto implicó la revisión de los contenidos de todas las carreas -sobre todo la Licenciatura en Economía- la separación en dos carreras de la Licenciatura en Administración y la de Contador Público, la creación de las Prácticas Comunitarias como requisito curricular obligatorio de los nuevos planes, y un fuerte cuestionamiento al sistema de ingreso. En este sentido, se reformuló la política de ingreso retornando al dictado de un curso preparatorio, la posibilidad de ingreso directo de los mejores promedios de colegios de gestión pública y luego también de gestión privada. Asimismo, se comienza a trabajar en el diseño del primer plan estratégico para la Facultad.
En 2007, a la finalización del mandato del CP Daniel Pérez, asume el Lic. Francisco Morea como Decano, intensificando el desarrollo de áreas tales como Extensión y Transferencia.
En mayo de 2008, ante la acefalía por vencimiento del mandato del hasta entonces Rector Arq. Daniel Medina, asume en forma provisoria la conducción del rectorado de la universidad el Lic. Francisco Morea, quedando a cargo del decanato el entonces vicedecano Mg. Raúl de Vega. Este último conserva su función hasta febrero de 2009 momento en el cual la Asamblea Universitaria normaliza sus autoridades eligiendo como rector al Lic. Morea. En consecuencia, en abril de 2009 el Consejo Académico elige como decano al CP. Daniel Hugo Pérez y como vicedecano al Lic. Daniel Guzmán.
Durante esta gestión se realizan los procesos de reválida a docentes, se regularizan cargos de docentes interinos, se incorpora más personal administrativo para mejorar la gestión, se implementa el sistema SIU Guaraní, se revisan y se ordenan las orientaciones de cada una de las carreras, se modifica el ingreso a la carrera de Turismo, se implementa un sistema de tutorías para los estudiantes de primer año, se impulsa el desarrollo de cursos para docentes -referidos a la formación pedagógica y uso de nuevas TICS-, se inaugura un nuevo edificio –Biblos- destinado al Centro de Documentación y espacios para posgrado, se intensifica las actividades de extensión, se crea el portal –Nulan- de promoción y difusión pública de conocimiento académico y científico de la facultad y se promueve la creación de nuevos grupos de investigación. En diciembre de 2011 se aprueba la creación de la carrera Profesorado Universitario en Economía, el cual comenzaría a funcionar al año siguiente.